２月17日に始まった2024年分の確定申告では、住宅ローン控除の手続きに関して、年末残高情報をマイナポータル連携で活用可能とした制度が導入されている。国税庁がこのほどまとめた「FAQ」によると、２月中旬以降に登録したケースでは、年末残高情報の格納が通知されるのは、登録完了から「２～５日後」となっているので注意したい。
住宅ローン控除を適用する納税者は、金融機関から交付を受けた年末残高証明書を、確定申告や年末調整の際に税務署または勤務先に提出する必要がある。だが年末残高調書を用いた新方式では、金融機関が納税者の住宅ローン残高情報を税務署に電子データで送信し、税務署はそれをもとに年末残高情報の電子データを作成。納税者は国税庁ホームページからマイナンバーカードを使ってe-Taxで申告する際に、マイナポータルを経由して年末残高情報を連携し、確定申告書の該当項目に自動入力できる。これによって納税者の書類の準備や申請手続きの手間を削減し、手続き漏れの防止にもつながるとされている。
年末残高情報を格納した旨の通知がe-Taxのメッセージボックスに届くのは、納税者が「マイページ」での登録を行った時期によって異なる。国税庁がまとめた「住宅取得資金に係る借入金等の年末残高等情報のマイナポータル連携に関するFAQ」によると、住宅ローン控除の対象となる家に住み始めた年の年末までに登録をすれば翌年２月中旬、１～２月初旬までの場合は「順次」、２月中旬～10月までの場合は「登録を了した日から２～５日（土日祝日を除く）」とされている。
なお当該方式に対応した金融機関は、国税庁の「年末残高調書を用いた方式（調書方式）に対応した金融機関の一覧」によると、24年開始が21金融機関、25年開始が28金融機関（25年１月時点）にとどまっている。